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Della genziana si utilizzano le radici ed i rizomi (Gentianae Radix F.U.), in essi sono contenuti della genziopicrina, genziamarina, genziina, gentisina, isogentisina, zenzianina, olosidi genzianosio, glucidi, genzianina e genziobiosio. La genziana presenta una bassa tossicità ed è controindicata in soggetti affetti da ulcera gastroduodenale. Ha sapore molto amaro. Le sue proprietà toniche, digestive, coleretiche, vermifughe, antiasteniche, antimalariche, neurotoniche, ematopoietiche eritropoietiche, antianoressiche, emmenagoghe, febbrifughe, inoltre è un attivante del sistema ipofisi-corticosurrenale ed è un amaro tonico. Trova impiego nella cura della clorosi, dell'anemia, del linfatismo, astenia, malaria, dispepsie atoniche, dispepsie non infiammatorie inappetenza od anoressia, dispepsia o cattiva digestione, ipocloridria o iposecrezione gastrica. Una pianta di genziana di venti anni di età può arrivare ad avere una radice del peso di 6 Kg.
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